研究背景宏基因组研究揭示了复杂的微生物相互作用，包括水平基因转移（HGT）和功能冗余（FR），在塑造肠道微生物组的功能和稳定方面的关键作用。已经开发了多种关于HGT事件和FR的分析方法和数据库，但对于肠道微生物这一领域，目前仍缺乏有针对性、全面的数据 ...

DeepFMB leverages a pre-trained protein language model to extract evolution information. Moreover, DeepFMB generates PPI-related features and orthology-related features using graph neural networks on ...